Majoritatea așezărilor, situate pe teritoriul municipiului Boychinovtsi, au o istorie veche. Datorită depozitele sale bogate de aur River. Augusta și oportunități de dezvoltare a agriculturii, malurile sale erau potrivite pentru decontare din cele mai vechi timpuri. Cea mai veche populație datată din punct de vedere istoric sunt tracii care locuiau în aceste zone în primul mileniu î.en.

În satul Ohrid, au fost găsite rămășițe de așezare preistorică. Ruinele de la o fortăreață și un drum roman se află în apropierea satului Portitovtsi.

În 1974 Boychinovtsi a fost declarat oraș și în 1987 s-au format granițele administrativ-teritoriale moderne ale municipiului.

Există opt temple ortodoxe pe teritoriul municipiului, majoritatea cu mai mult de o sută de ani de istorie.