Municipiul Glavinitsa este situat în partea de nord-est a Republicii Bulgaria. În conformitate cu diviziunea administrativ-teritorială a țării, aceasta intră în regiunea Silistra.
Teritoriul municipalității este de 481 kilometri pătrați. Acestea includ 271260 de acri de teren agricol și 138 641 de decare de fond forestier. În municipiu există 23 de așezări cu o suprafață de 7.1099 de decare.