Pe teritoriul orașului descoperirile arheologice au scos la iveală ceramică aparținând renumitei culturi de Coțofeni din epoca bronzului, precum și Tezaurul de la Filiași, care conține dinari de Friesach și Corinthia din secolul al XIII-lea. Prima atestare a numelui localității datează de la 1 ianuarie 1573.

O însemnată familie de boieri, pe nume Filișanu, și-a lăsat amprenta pe istoria orașului pe o perioadă de 400 de ani.

În anul 1906 Dimitrie Filișanul, cel prin care s-a stins ultimul descendent al neamului de boieri, ctitorește un splendid edificiu ce va dăinui sub denumirea de "Capela Filișanului".

Preocupările boierilor Filișani nu s-au materializat numai pe plan spiritual, ci și în domeniul social, dovedind grija lor față de oamenii săraci, ctitoriile lor fiind destinate în mare parte acestora. Dintre acestea, cea mai de seamă este Spitalul Filișanilor și două cișmele pentru apă, una în satul Balta, iar alta în Filiași, situată la "Hanul Mare".

În anul 1935 învățătorul Nicolae Mitea dă viață unui alt lăcaș de referință din istoria orașului: Biblioteca Poporului, actualmente Biblioteca Orășenească "Anton Pann".